新疆农业大学机电工程学院现有3个自治区“天山创新团队”和1个自治区高校科研计划项目创新团队：新疆智慧农业信息感知技术创新团队（2023，郭俊先）、现代智能农机装备创新团队（2022，韩长杰）、新疆棉秸秆收获技术与装备创新团队（2021，张佳喜）和特色农作物提质工程与装备技术研究团队（2017，张学军）。
新疆智慧农业信息感知技术创新团队于2007年开始筹建，围绕新疆农业生产的信息感知关键科学技术问题，重点突破新疆特色优势作物表型信息的无损感知技术，解决传统农业信息获取的瓶颈，以系统方法与共性技术为基础，构建大数据和人工智能驱动的系统解决方案（感知-认知-决策-执行），提升新疆绿洲农业生产的数字化和智能化管理水平。现有核心成员9人，其中教授2人，副教授6人；拥有教育部青年长江学者1人，新疆林果产业技术体系岗位专家1人。近两年发表SCI论文6篇，EI论文4篇，知识产权授权10余件，研发柔性传感器和植物表型监测系统5台（套）。
新疆棉秸秆收获技术与装备创新团队于2012年开始筹建，核心成员14人，其中正高2人，副高8人。针对棉花产业链的延伸主要方向——棉秸秆，创新提出不动土棉秆拔除机械化收获方式，创制不动土“裹挟、对辊”棉秆整秆拔除收获策略，填补新疆棉秆拔除收获的技术空白。近十年，发表论文SCI\EI论文15篇，获得发明专利授权12件，研发新型棉秆收获装备7台（套），获批地方标准立项1个。
特色农作物提质工程与装备技术研究团队成立于2017年，核心成员9人，其中教授2人，副教授5人；拥有教育部高等学校教学指导委员1人，新疆小麦产业技术体系岗位专家1人。围绕新疆特色作物生产特点，以农作物高产增收配套技术对象，致力于特色农作物提质增效技术与装备的研究，构建农机农艺相融合的新疆特色农作物智能生产机械化体系。近五年来，开发各类耕层、地表残膜回收机4台，智能高效铺膜精量播种机1台，获自治区科技进步二等奖2项，发表高水平论文 30余篇，发明专利 4 项。
