新疆农业大学机电工程学院前身是1952年新疆农业大学建校（新疆八一农学院）成立的农机训练班，1956年成立农业机械系，设立农业机械化本科专业，面向全国招生学制5年，是自治区最早的工科本科专业之一，也是当时全国少数几个建系招收本专业本科生的高等农业院校之一。1987年农业机械系更名为农业工程系，1995年3月改名为机械交通分院，1998年11月9日更名为机械交通学院，2017年3月24日由原机械交通学院分院后建立了机电工程学院。学院现设有农业机械化工程、机械科学与工程、能源与电气工程3个系，1个物流工程研究所，1个自治区“新疆农业机械化发展研究中心”。设有“机械设计制造及其自动化”、“电气工程及其自动化、“农业机械化及其自动化”、“新能源科学与工程”和“农业电气化与自动化（停招）”等5个本科专业。
全院现有教职工53人，专职教师40人，其中教授5人，副教授13人，硕士生导师9人，具有博士学位的教师11人，硕士学位的教师34人。目前，在校本科生1394人（高职120人），在读全日制硕士研究生83人、在读在职硕士研究生61人。本科生规模居全校第一。
1984年获得 “农业机械化工程”二级学科硕士学位授权点。此后随着不断发展，又先后获得“农业电气化与自动化”（2011）和“机械设计及理论”（1998）2个二级学科硕士点、“交通运输工程”（2009）一级学科硕士点，以及“农业工程”（2004）、“交通运输工程”（2004）、“机械工程”（2006）领域工程硕士与“农业机械化”农业推广硕士（2004）专业学位授予点。2010年与水利与土木工程学院共同申请获得“农业工程”一级学科硕士学位授权点；
2008年以来，学院在学科重点实验室和专业建设上也取得了长足进展。2009年获批校级“新疆农业工程装备创新设计”重点实验室，2013年“新疆农业工程装备创新设计重点实验室”获得新疆维吾尔自治区教育厅批准为重点实验室。2011年“农业机械化及其自动化”和“机械设计制造及其自动化”两个本科专业，获得新疆维吾尔自治区教育厅重点产业紧缺人才专业立项。2012年“现代农业装备实验教学示范中心”获得新疆维吾尔自治区教育厅立项。2013年中华人民共和国教育部批准“地方所属高校‘本科教学工程’大学生校外实践教育基地（新疆农业大学-新疆中收农牧机械公司工程实践教育中心）”建设项目。同年，“农业机械化及其自动化”本科专业列入中华人民共和国教育部卓越计划。此外，2013年作为发起单位成立了特色林果产业关键技术与工程装备协同创新中心；2014年8月作为理事单位与10多家单位联合成立了新疆农牧机械产业技术创新战略联盟；与新疆交通科学研究院联合共建“交通运输工程学科产学研及研究生培养基地”。
2008年以来，学院承担国家科技支撑计划3项，国家自然科学基金（含子课题）12项，省部级项目31项，厅局级（含人社厅和教育厅项目）38项，校前期项目25项，横向研究项目86项，到位各级各类科研项目1500余万元。发表论文360余篇，其中EI收录19篇。获国家发明专利12项，实用新型专利38项、软件著作权2项。获得自治区科技进步一等奖1项（新疆棉田“净土工程”耕前地表残膜回收机械化关键技术及装备研究与示范，2010年）。自治区自然科学优秀学术论文一等奖2项，二等奖1项，三等奖4项；中国农业机械学会成立50周年百篇优秀论文1篇；校级科技成果奖二等奖1次，优胜奖1次。
